Музей генерала армии Н.Ф. Ватутина был создан по решению правления колхоза в 1950 г. Первым директором музея на общественных началах была сестра Николая Фёдоровича Ватутина - Дарья Фёдоровна. Родственники Николая Фёдоровича собрали личные вещи полководца, предметы сельского быта, семейные фотографии. Так появилась первая экспозиция, которая отражала детские и юношеские годы, быт семьи, а также военную деятельность генерала.
Музей располагался в доме, где родился будущий генерал, который был построен в 1849 г. Немного позже односельчане отремонтировали, как смогли, старый дом: подвели под него фундамент, заменили окна, двери, обновили стены.
С 1968 по 1985 гг. музей возглавляла Констанченко Надежда Ивановна.
В 1985 г. по решению горкома КПСС города Валуйки, правления колхоза имени Ватутина, и в связи с сорокалетием Победы Советского народа в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг. и увеличением музейного фонда, было решено открыть «Дом матери Героя Советского Союза Н. Ф. Ватутина».
Муниципальное учреждение культуры «Дом-музей генерала армии Н.Ф. Ватутина» имеет два здания: дом, в котором родился генерал, и дом матери, который был построен солдатами 1-го Украинского фронта в 1944-1945 гг.
В 1985 г. директором мемориального комплекса был назначен Говоров Александр Васильевич, который руководил музеем по 2004 г.
В 2003 г. он был награжден дипломом за достижения в военно-патриотическом воспитании детей и молодежи (премия имени Н.Ф. Ватутина и в 2012 г. - дипломом за многолетний вклад в сохранение и поддержание Дома-музея генерала армии Н.Ф. Ватутина (премия генерала армии М.А. Гареева).
С 1985 г. основная экспозиция была переведена в дом, построенный солдатами 1-го Украинского фронта, для семьи Н.Ф. Ватутина. Экспозиция, которая была создана в Доме-музее, размещалась в 4-х залах. В основу экспозиции были заложены историко-хронологический и комплексно-тематический принципы. Данная экспозиция сыграла заметную роль в военно-патриотическом воспитании школьников, молодёжи, других категорий населения региона.
Однако на современном этапе развития общества возникла необходимость в создании новой экспозиции, пополненной новыми материалами с учётом имеющейся музейной базы, современных методологических подходов в исторической науке и музейной практике.
Новая стационарная экспозиция была открыта в 2001 г. к 100-летию со дня рождения Героя Советского Союза - Н.Ф. Ватутина. Была создана авторским коллективом сотрудников Белгородского государственного историко-художественного музея-диорамы «Курская битва. Белгородское направление» и сотрудниками музея Н.Ф. Ватутина: директором музея - Говоровым А.В. и младшим научным сотрудником Посоховой Т.А., которая возглавляла музей с 2004 г. по 2010 г.
В 2006 г. Милова Татьяна Анатольевна была награждена лично дипломом за достижения в военно-патриотическом воспитании детей и молодежи (премия имени Н.Ф. Ватутина).
С 2010 г. директором музея назначена Ерыгина О. С.
В 2017 г. состоялась реэкспозиция «Дома матери генерала армии Н.Ф. Ватутина» при финансовой поддержке Российского военно-исторического общества (председатель – В.Р. Мединский).
5 мая 2017 г. во дворе «Дома матери» был торжественно открыт памятник Вере Ефимовне Ватутиной – матери генерала. Скульптор – Шептухин Николай Федорович.
С 2017 г. на территории мемориального комплекса ежегодно проводится ретроспектива «Родина Героя».
С января 2020 г. произошла реорганизация учреждения Дом-музей генерала армии Н.Ф. Ватутина является филиалом МКУК «Валуйский историко-художественный музей».